近日，信息科學(xué)與工程學(xué)院孫曉勇教授團(tuán)隊(duì)在《Plant Physiology and Biochemistry》在線發(fā)表了題為“Intron-capture RNA-seq reveals the landscape of intronic RNAs in Arabidopsis”的研究論文。信息科學(xué)與工程學(xué)院在讀碩士研究生李晗為本文第一作者，孫曉勇教授為本文通訊作者，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)趙弘巍教授為并列通訊作者。

內(nèi)含子是真核生物產(chǎn)生成熟mRNA的過程中被剪切掉的部分，會(huì)迅速降解，因此，內(nèi)含子RNA一直被認(rèn)為是“垃圾”序列，許多調(diào)控內(nèi)含子RNA在學(xué)術(shù)界也被完全忽視。近些年的研究發(fā)現(xiàn)內(nèi)含子RNA是一類新的非編碼RNA，在生物過程中起著重要的作用。然而，內(nèi)含子RNA的表達(dá)水平與覆蓋率低，全基因組測(cè)序并不能很好地實(shí)現(xiàn)內(nèi)含子RNA的檢測(cè)。為提高檢測(cè)效率，研究?jī)?nèi)含子RNA的動(dòng)態(tài)表達(dá)，該團(tuán)隊(duì)提出了一種新的捕獲測(cè)序技術(shù)，即Intron-capture RNA-seq。

Intron-capture RNA-seq方法第一次清晰地?fù)渥降搅藘?nèi)含子的精細(xì)表達(dá)，加深了學(xué)術(shù)界對(duì)非編碼RNA的認(rèn)知。發(fā)現(xiàn)了三種具有不同GC模式的內(nèi)含子RNA：全內(nèi)含子RNA，外顯子-內(nèi)含子RNA和部分內(nèi)含子RNA；檢測(cè)到了許多隱藏的元素，包括環(huán)狀的內(nèi)含子RNA，剪接位點(diǎn)以及以往被忽視的轉(zhuǎn)錄本；探明了內(nèi)含子RNA的表達(dá)在病原體感染過程中會(huì)隨著時(shí)間的推移產(chǎn)生不同的反應(yīng)；證明了內(nèi)含子RNA的保守性，大多數(shù)內(nèi)含子RNA在擬南芥和水稻中都可以檢測(cè)到，并且具有相似的表達(dá)模式。該研究為內(nèi)含子RNA的分析提供了一個(gè)有效策略，揭示了內(nèi)含子RNA的表達(dá)特征，為探索這些重要但容易被忽視的分子提供了一個(gè)新的切入點(diǎn)。

圖1. Intron-capture RNA-seq與total RNA-seq和mRNA-seq的比較

該研究得到了國家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目的資助，學(xué)校超級(jí)計(jì)算中心提供了算力支持。

論文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2023.01.040

編      輯：萬    千 

審      核：賈    波